分子構造総合討論会運営委員会では、会の活性を担う若手研究者を奨励するために、「分子構造総合討論会奨励賞」を設けています。奨励賞は討論会の懇親会で授与され、受賞者は翌年の討論会で受賞講演を行います。平成１９年度以降、分子構造総合討論会奨励賞は、分子科学会において引き継がれることが決まっております。
- ２００６年分子構造総合討論会奨励賞 （第４回静岡）
- 受賞者： 佐藤 啓文 （京大院・工）
高口 博志（理研）
- ２００５年分子構造総合討論会奨励賞（第３回、東京）
- 受賞者： 井村 考平 （分子研）
加納 英明 （東大院・理）
三井 正明 （慶大・理工）
- ２００４年分子構造総合討論会奨励賞（第２回、広島）審査会議事録
- 受賞者： 藤芳 暁 （神戸大学・CREST）
持田智行 （東邦大・理）
- ２００３年分子構造総合討論会奨励賞（第１回、京都）
- 受賞者： 石川春樹 （東北大院・理）
木村佳文 （京大・国際融合創造センター）
安松久登 （豊田工業大学）
- ２００２年分子科学奨励神戸賞
- 受賞者： 林 久史 (東北大・多元研)
若林 知成 （京大院・理）
藤原久志 （広島市立大・情報科学部）
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